Nos anos 1940, já havia relatos de uma capela nas proximidades da atual Paróquia São Sebastião. A escolha do padroeiro e a doação da imagem de São Sebastião foram realizadas por um pioneiro devoto do santo.

Originalmente, a capela estava subordinada à Paróquia São José de Assaí. Em 1958, durante o ministério do Padre Jerônimo Onuma, a comunidade foi elevada à dignidade de paróquia. Padre Jerônimo, com zelo evangélico, incentivou a comunidade a assumir a responsabilidade de se tornar uma paróquia ativa. Antes de Padre Jerônimo, a capela foi atendida por diversos sacerdotes, incluindo Frei Constantino, Ertégenes Lemos, Padre Pio, Jorge e Carlos Boneta. Após o falecimento de Padre Jerônimo, a paróquia foi conduzida pelo Padre Vítor Margot por 16 anos e, posteriormente, pelo Padre Gerard Peeters por 14 meses.

Com a criação da Diocese de Cornélio Procópio, a pastoral da paróquia passou a ser orientada pelos princípios do Concílio Vaticano II, com ênfase em comunhão e participação. A paróquia também contou com o trabalho da leiga consagrada Maria de Lourdes Souza, que auxiliou o Padre Orisvaldo na renovação da catequese e na fundação do "Bom Samaritano".

Outros sacerdotes que lideraram a comunidade incluem Padre Vanderlei, Padre Wandionor Vanini Filho, Padre Roberto Takeshi Kuriyama e Padre José de Lima.

Atualmente, a paróquia é dirigida pelo Padre Antônio Luiz Martins.